ГОБОУ ЦПМСС № 16 создан в 2001 году.

В 2005 году в центре создана психолого-медико-педагогическая комиссия, начал работу отдел ранней помощи.

С 2005 по 2008 год при центре работал лагерь дневного пребывания "Десант".

С 1 января 2008 года открыт отдел профилактики социального сиротства.

В 2010 году начала работу группа кратковременного пребывания для детей от 1 года до 3 лет.